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Fabrice Muller obtient un Master of Music d'interprétation et de musicologie appliquée à l’orgue à l’Eastman School of Music, Université de Rochester, USA, en 2008. Le diplôme de concert, et les premiers prix en orgue, clavecin, formation musicale, musique ancienne (musique de chambre), et orgue Renaissance lui sont décernés par les conservatoires de Nancy et de Metz. En 1996, il remporte le premier prix en degré supérieur au Concours International d’Orgue de Lorraine présidé par Marie-Claire Alain.
Sa formation est riche d'expériences diverses : Fabrice Muller étudie aux universités de Nancy 2 et de Rochester (USA), aux conservatoires de Luxembourg-Ville, de Metz, de Nancy, et de Strasbourg. Parmi ses professeurs, on compte Jonathan Biggers, Anne-Catherine Bucher, Hans Davidsson, François Espinasse, Jean-Philippe Fetzer, Francis Jacob, Jean-Jacques Kasel, François Ménissier, Norbert Pétry, et Todd Wilson. Passionné de pédagogie, il se forme également au partage de la musique d’orgue et ses sujets connexes, notamment la formation musicale.
Professeur de Conservatoire certifié, il intègre fin 2014 le corps enseignant du Conservatoire à Rayonnement Départemental d'Auxerre, après avoir servi les CRD d'Arras et de Créteil. En 2011 il crée le premier site de cours à distance de formation musicale, d'histoire de la musique, et coaching en interprétation, pour tous et en direct, par visioconférence en France. Il est par ce biais amené à donner des cours en France, en Suisse, aux USA, à Hong Kong... En mars dernier il publie L 2015, livre de cours de formation musicale pour les premières années.
Son engouement pour les instruments de diverses époques l’amène à jouer de nombreux claviers : de l’orgue historique de la cathédrale de Metz (XVIe siècle) à l’orgue Skinner de l’église St-Paul de Rochester, USA (pinacle de la facture américaine du XXe siècle) ; du clavecin italien au virginal anglais, et du clavicorde à pédalier au piano-pédalier.
Titulaire de l'orgue de l’église Luthérienne de la Croix de Strasbourg de 1993 à 2003, il se produit aussi en récital, en soliste avec orchestre, et en musique de chambre. Il est notamment soliste du concerto pour orgue de Poulenc avec l'orchestre des lauréats du Conservatoire National Supérieur de Paris en 2008 pour un concert aux Invalides, joue sur France Musique en direct du Festival International de Musique Baroque de Sablé-sur-Sarthe où il accompagne au clavecin son frère, le baryton Rémi Muller, en 2009, et partage la tradition française lors du concert de Noël 2014 sur l'unique orgue classique français d'Allemagne du Nord (Stapelmoor).